Στο νοτιοανατολικό τμήμα των Μαύρων Βουνών υπάρχει εκτενής χαμηλή βλάστηση αείφυλλων - πλαύφυλλων και φρύγανων. Πάνω στους ασβεστολιθικούς βράχους φιλοξενούνται ενδημικά της Ελλάδος είδη χλωρίδας όπως η κενταύρια του Nieder (Centaurea niederi) που συναντάται μόνο εδώ και στα στενά της Κλεισούρας στο Μεσολόγγι. Χαρακτηριστικοί θάμνοι που φύονται στα Μαύρα Βουνά είναι ο σχίνος, το θαμνοκυπάρισσο, η αγριελιά, η κουτσουπιά, η γκορτσιά ενώ από τα φρύγανα απαντάται συχνά η ασφάκα. Η έντονη βόσκηση και οι περιοδικές καλοκαιρινές πυρκαγιές κρατούν την κυρίαρχη βλάστηση θαμνώδη και χαμηλή, αυξάνοντας έτσι το ποσοστό των φρυγάνων.
Οι ασβεστολιθικοί όγκοι των Μαύρων Βουνών είναι οι κύριοι τροφοδότες του δάσους σε γλυκό νερό ενώ αποτελούν καταφύγιο για μικρά θηλαστικά και είδη ερπετών, καθώς και θέσεις φωλιάσματος για αρπακτικά πουλιά.